Selon le synopsis, au XVIIe siècle, deux prêtres jésuites portugais se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.
Pour sa part, dans ses commentaires, France Info note qu’« il est en effet historiquement connu que le Japon s’est farouchement opposé pendant des siècles à toute incursion extérieure, et pas seulement occidentale, sur son sol. La menace s’est faite encore plus forte avec les grands explorateurs de la Renaissance, et celle conduite par les jésuites portugais au XVIIe siècle fut des plus férocement repoussées et réprimées ». Mais là où la chaîne d’information continue fait très fort, c’est lorsqu’elle prétend que les martyrs japonais du XVIIe sont comparables aux djihadistes d'aujourd'hui !
En effet, sans complexe, France Info fait un rapprochement entre les missionnaires morts martyrs pour leur foi et les fous d'Allah qui foncent dans la foule avec leur camion ou trucident les spectateurs d'un concert : « Les Jésuites du film ne posent pas de bombes ; le verbe est leur seule arme. Mais en connaissant le sort de leurs frères, torturés, mort au nom de Dieu en terre japonaise, leurs successeurs ne savaient-ils pas qu’ils s’envoyaient à la mort et qu’ainsi leur sacrifice ferait office de martyr ? Les kamikazes islamistes d’aujourd’hui, ressemblent fort, dans leur objectif, aux "bombes humaines" jésuites du XVIIe siècle, leur dénominateur commun étant la mort pour propager leur croyance ».
Les Basques apprécieront tout particulièrement ces délicates assertions en pensant à saint François-Xavier… Vous savez, l’apôtre navarrais – qui est aussi le « saint patron » de la langue basque – qui, avant de rendre son âme à Dieu, avait retrouvé pour d’ultimes prières la langue basque de son enfance. L’odyssée inachevée de « l’âme de feu qui vole d’un point des Pyrénées jusqu’aux Indes et au lointain Japon, telle une comète fulgurante qui se perdrait dans les flots de la mer de Chine » selon la belle formule de l’écrivain François Duhourcau continue d’attirer des foules innombrables dans la cathédrale de Goa, en Inde, pour vénérer les reliques de saint François Xavier le jour de sa fête, le 3 décembre.