Crèches interdites, calvaires déboulonnés, croix démontées… L’offensive de certains « milieux » contre l’héritage chrétien de nos contrées s’inscrit dans une longue tradition : un de ses épisodes les plus marquants – avec l’expulsion des congrégations et les « Inventaires » - fut le scandale de l'« Affaire des Fiches » dont un des protagonistes était un « compatriote » basque.

C'est le 28 octobre 1904 qu'éclate le scandale de l'affaire des fiches, aussi appelée affaire des casseroles dont l’acteur principal sera le général André, ministre de la Guerre dans le gouvernement de défense républicaine de Waldeck-Rousseau, puis reconduit dans celui d'Émile Combes, après le triomphe du bloc des gauches aux élections de 1902. Désireux de républicaniser l'armée en la laïcisant, cet anticatholique farouche interdit en 1903 aux soldats de fréquenter les cercles militaires catholiques, en application des nouvelles lois laïques sur la « neutralité » supposée, exigée des institutions républicaines et de leurs membres.
L'année suivante, le général fait appel aux cellules locales (appelées loges ou ateliers) du Grand Orient de France, organisation maçonnique qui est à l'époque pleinement engagée dans la lutte pour la séparation de l'Église et de l'État, pour établir près de 20.000 fiches sur les opinions politiques et religieuses des officiers se rendant à la messe.

Sur ces fiches, on pouvait lire des mentions comme « VLM » pour « Va à la messe » ou « VLM AL » pour « Va à la messe avec un livre ». Les fiches ne se contentent pas de rapporter uniquement des faits comme en témoignent les appellations de "clérical cléricalisant", "cléricafard", "cléricanaille", "calotin pur-sang", "jésuitard", "grand avaleur de bon Dieu", "vieille peau fermée à nos idées", "rallié à la République, n'en porte pas moins un nom à particule". Les fiches rapportent aussi la vie privée ou familiale des officiers : "Suit les processions en civil", "a assisté à la messe de première communion de sa fille", "Membre de la Société Saint-Vincent-de-Paul", "À ses enfants dans une jésuitière", "Reçoit La Croix chez lui", "A qualifié les maçons et les républicains de canailles, de voleurs et de traîtres", "richissime", "a une femme très fortunée", "A reçu la bénédiction du pape à son mariage par télégramme". Les fiches sont d'abord centralisées au secrétariat du Grand Orient de France (rue Cadet) avant d'être transmises au capitaine Henri Mollin, gendre d'Anatole France et membre du cabinet du général André, par le secrétaire du Grand Orient et son adjoint Jean-Baptiste Bidegain (dont le nom trahit certes une origine « régionale »).

C’est le député Jean Guyot de Villeneuve qui fit éclater l'affaire au Parlement au cours de deux séances mémorables, le 28 octobre et le 4 novembre 1904. Interpellant le gouvernement, il apporta la preuve de l'implication du ministre de la guerre, le général André. Jean Guyot de Villeneuve avait acquis auprès de Jean-Baptiste Bidegain une partie des documents conservés à ce sujet dans les archives de la rue Cadet (siège du Grand Orient) : lettres de demandes de renseignements émanant du Ministère de la guerre ; correspondance avec les loges ; photocopies de fiches transmises. Et c'est peut-être par dépit de n'avoir pas été nommé secrétaire général du Grand Orient que ce Jean-Baptiste Bidegain, conscient de détenir une véritable bombe politique, rendit l'affaire publique. Mais le mal était fait, l'armée décapitée de ses éléments les plus professionnels et capables, dont l’avancement était bloqué (comme Ferdinand Foch dont le frère était jésuite) pour favoriser la promotion d'officiers « républicains athées et laïcs », mais souvent incompétents, ce qui aura des conséquences désastreuses sur les premiers engagements de la Grande Guerre, dix ans plus tard. D’ailleurs, beaucoup de ces officiers indûment promus (dont près de la moitié des 425 généraux !) seront alors « limogés » en catastrophe, autrement dit affectés à des bases éloignées du front comme Limoges (d'où l'origine du verbe « limoger », inventé pour l'occasion). Mais le mal était fait, cela aboutira à la fameuse « Hécatombe des généraux en 1914 », pour reprendre le titre du livre de Pierre Rocolle (Editions Lavauzelles). Hécatombe qui ne se limita guère aux officiers généraux : quand on lit sous le porche de l’église d’Itxassou la plaque en marbre où sont gravés les noms des victimes de la Grande Guerre, celle de 14-18, on est frappé par l’extrême saignée que supporta, comme en tant d’autres, la population de ce village.

Les jeunes Basques servirent très nombreux dans les régiments de Bayonne – le 49e, dont une rue porte le nom, le 249e et le 142e R.I. – ainsi que ceux de Tarbes de Pau, de Mont-de-Marsan et de Bordeaux. Ils se distinguèrent à Charleroi, Guise, Craonne et au « Chemin des Dames » (1915) où un monument rappelle leur sacrifice héroïque. Des Basques revenus d’Amérique participèrent au débarquement à Salonique et à la campagne d’Orient au 7e colonial. Beaucoup de ces Basques tombèrent pendant les combats ou, dans le meilleur des cas, revinrent mutilés ! L’historien Eugène Goyheneche estime le nombre des Basque tués pendant la guerre de 14-18 à environ 6000, chiffre énorme s'il est rapporté à la population masculine d'un demi département au tout début du XXe siècle.