Sans doute en raison du passage de nombreux pèlerins de Saint-Jacques, la célèbre croix de Malte est très présente au Pays Basque. D’abord croix blanche à huit pointes apposée sur la tenue noire des desservants de l'hôpital de Saint-Jean Baptiste à Jérusalem, elle a ensuite été utilisée par l'Ordre de Saint-Jean de Jérusalem sur un fond rouge, comme pavillon de sa flotte. Ces couleurs rouge et blanche conservées sur le drapeau actuel de l’Etat maltais reprennent d’ailleurs celles de la bannière du comte normand Roger Ier de Sicile qui régna sur l’île au XIe siècle. 

Les vestiges des commanderies et maisons dépendantes de l’Ordre sont innombrables : à Haranbeltz, quartier d’Ostabat où convergeaient les pélerins venant des trois routes « jacquaires » (Paris, Vezelay et Le Puy), le tympan décoré du XIIe siècle qui surplombe la porte de la chapelle présente un chrisme surmonté d’une croix de Malte. La croix figure sur des meubles régionaux des XVIIe et XVIIIe siècle (par exemple au château d’Urtubie).

Beaucoup de maisons portent le nom d’« Ospitalia » ou arborent cette croix sur leurs linteaux de porte ou de fenêtre, tel celui de la ferme Iturburua à Lantabat qui daterait de1736. On recense également un certain nombre de stèles discoïdales comportant ce motif, depuis celle du XVIe siècle qui était en possession de Pierre d’Arcangues (actuellement au Musée Basque) jusqu’aux exemplaires trouvés à Doazit en Chalosse.

Parmi les nombreuses étapes sur le chemin de Saint Jacques de Compostelle, signalons encore la maison-forte « Pellegrinia » près de Saint-Palais qui joua un grand rôle dans l’essor économique de la foire (millénaire) de Garris d’où provient une cheminée à la tête sculptée de moine portant la croix de Malte et le collier de l’Ordre. Dans la montagne navarraise, la chapelle Saint-Sauveur d'Iraty relevait de la commanderie de Malte d'Apat Ospitalea, dépendant elle-même de celle d'Irissarry ; l’actuelle église paroissiale de Tarnos, ancienne commanderie-hôpital des Chevaliers de Malte, fortifiée au XIe siècle afin d’accueillir les pèlerins qui suivaient le chemin du littoral, tout comme « l'Espitaou » d’Horsarrieu dans la Chalosse voisine, mentionné dès 1335 et qui subsista jusqu’à la Révolution ; à Arthez-de-Béarn, la Chapelle de Caubin (du XIIe siècle) était une commanderie de l’Ordre de Malte sur le chemin de Compostelle. Mais le monument le plus emblématique et le mieux conservé demeure, certes, « Ospitalea » à Irissarry. Fondée au XIIe siècle par les hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem, elle fut reconstruite à partir de 1605 (cette date est inscrite sur la porte sud et s’accompagne d'une croix fleurdelisée et de trois croix de Malte que l’on retrouve sur le linteau d' une fenêtre à meneau du premier étage). Son commandeur Martin de Larrea en fit à l'époque un des plus beaux bâtiments de Navarre avant qu’elle n’abrite le Centre d'Education au Patrimoine créé en 2002 à l'initiative du Conseil Général. .