Le passé s’est inscrit dans cet espace à Marracq de la cité Lahubiague d’antan et d’aujourd’hui. Depuis 1722 le nom rappelait le premier séminaire implanté dans ce quartier à la périphérie des anciennes fortifications de Bayonne.
(NDLR. : un généreux donateur, Pierre de Harriague, trésorier du Duc d'Orléans, avait pris à sa charge l'achat du terrain, la construction et l'ameublement de ce séminaire. L’évêque de Bayonne André Druillet avait choisi la propriété "Le Pin", un bel et vaste enclos avec jardin, bois de haute futaie et vignes, afin d'y faire construire un séminaire avec chapelle, avant de le confier aux pères de la Doctrine chrétienne pour former le clergé. Cette époque qui précédait la révolution française vit également la poursuit du conflit théologique avec les Jansénistes qui furent accusés de contrôler le séminaire en question par Mgr de la Vieuxville, successeur de l'évêque bâtisseur).
La révolution française apportant son lot d’hostilité, le 13 novembre 1792, les religieux encore attachés à la chapelle qui desservait le quartier durent quitter les lieux, le séminaire devenant un hôpital et les autorités imposant la fermeture de cet espace de formation religieuse (NDLR. : déjà auparavant vidé de ses étudiants par Mgr Guillaume d'Arche qui lui reprochait un enseignement trop janséniste ; lesdits étudiants étaient envoyés au séminaire nouvellement fondé à Larressore).
Le séminaire rouvrit cependant en 1802 avec la déclaration du Concordat par Napoléon mais cette décision fut provisoire puisque suivie en 1906 de la confiscation et de la fermeture définitive au temps de la IIIème République.
Les orgues du séminaire seront rachetées par le curé de Gabat qui les fit transférer à l’église Sainte Marie d’Anglet et le site connaîtra des années d’abandon, avant de retrouver en 1950 un rafraichissement restauré des vieilles pierres en logement social pour les plus simples de la population.
Lahubiague avait une chapelle du séminaire qui sera détruite, les photos d’époque le rappellent. Des neuf bâtiments aujourd’hui, deux rappellent les façades anciennes de l’ancien séminaire, sept parmi eux ayant été remaniés, réhabilités et ajoutés au cours de ces dernières décennies.
Les logements de l’ancien séminaire seront occupés par les fonctionnaires de l’Etat, cheminots, douaniers, policiers, militaires, enseignants, personnel hospitalier, artisans de la ville, ouvriers engagés dans la vie économique de Bayonne, qui s’y installent dans un espace peu confortable mais adapté pour les demandes de logement de nécessité.
Le sanitaire manque, on crée des douches publiques, quelques commodités, lavoir et lieux de propreté, la vie sociale à Lahubiague prend effet. Mais le diocèse est privé de séminaire. Il faut rebâtir un nouvel établissement de remplacement.
Le 2 mars 1914 la première pierre est posée par Mgr Gieure à quelques centaines de mètres de Lahubiague à l’initiative de l’architecte Albert Saint Vanne.
L’impétueux évêque venu des Landes voisines ne doute pas de ses ambitions.
Le 11 mai 1919, au sortir de la grande guerre, le séminaire flambant neuf est inauguré en grandes pompes.
Marracq retrouve ses anciennes marques. Lahubiague renaît autrement. Le séminaire deviendra un haut lieu de formation du clergé venu du Pays Basque et du Béarn, du Laos, du Vietnam, des Antilles, de la Réunion, des Seychelles. La relation privilégiée existant entre les deux diocèses de Bayonne et de Dax, historique favorise ces échanges.
D’excellents professeurs d’écriture sainte, de patrologie, d’histoire de l’église, de théologie, de philosophie y acquièrent une réputation.